В старых версиях SVN любой checkout оставлял кучу скрытых папок с названием «.svn» в вашем проекте. Папки тут же кочевали на сервак, а поскольку файлов и папок там действительно не мало, всё это, как вы понимаете, вряд ли хорошо сказывалось на производительности.

Чтобы безвозвратно покончить с ними, зайдите в папку проекта по ssh, откройте консоль и напишите:

 find . -name ".svn" -exec rm -rf {} \;

В винде еще проще.  Поиск ctrl+f по названию папки «.svn» и удаление результатов