Все любят консоль, это гарант быстрой работы с системой. Тогда как графический интерфейс не даёт всех возможностей для контроля, командная строка позволяет проводить любые операции. Здесь буду собираться часто используемые команды, также варианты в комментариях приветствуются.

• Поменять owner и group на всех файлах и папках рекурсивно внутри папки /www включительно.

   chown -R www-data:www-data www

• Запуск/Остановка/рестарт апатча на разных unix-системах будет звучать по-разному
  на Debian:

  /etc/init.d/apache2 start
  /etc/init.d/apache2 stop
  /etc/init.d/apache2 restart

• Сделать дамп/восстановить базу данных

  mysqldump db_name -u login -p pass > sql_name.sql
  mysql -u login -p pass db_name < file_name.sql 

• Найти текст в файлах рекурсивно

  grep -r --include "*.txt" texthere www

  texthere - тескт поиска, www - папка поиска

  И более сложный пример: поиск шелла на сайте

  grep '((eval.*(base64_decode|gzinflate|\$_))|\$[0O]{4,}|FilesMan|JGF1dGhfc|IIIl|die\(PHP_OS|posix_getpwuid|Array\(base64_decode|document\.write\("\\u00|sh(3(ll|11)))' www -lroE --include=*.php*

  grep -RPn '(passthru|shell_exec|system|phpinfo|base64_decode|chmod|mkdir|fopen|fclose|readfile|php_uname|eval|tcpflood|udpflood|edoced_46esab) *\(' www

• Переместить папку или папку

  mv folder /destination/

• Количество заянтого/свободного места на сервере

  df -h